Le Centre d’études musicales Pantonal est un organisme privé sans but lucratif issu de l’Institut de recherche Pantonal, fondé à Outremont en 1970 par Michel Perrault. À l’origine, cette institution se consacrait à des recherches sur le langage musical ayant pour but de comprendre les principes à la base de toute musique – peu importe le style – et le développement de l’instinct musical par une approche générative. Les résultats de ces recherches ont été diffusés sous forme de manuels didactiques et d’enseignement auprès de professeurs et de professionnels du monde musical.

En 1991, l’Institut de recherche Pantonal se restructura en deux entités corporatives distinctes. Le  volet se consacrant à la recherche et à l’édition prit le nom de Pantonal Inc. et la section se consacrant dorénavant à l’enseignement de la musique, dirigé à l’époque par Gisèle Lecourt, prit le nom de Centre d’études musicales Pantonal.

Le Centre d’études musicales Pantonal est accrédité par l’arrondissement d’Outremont depuis 1991 et par l’arrondissement de Ville Saint-Laurent depuis 1994. L’école possède également un local  à l’école Buissonnière d’Outremont où sont donnés des cours de piano et de guitare.